クリア後の特典

・資金
・覚えたスキル
・パイロット養成値

逆に引き継げないのは次の通り。

・スキルパーツ
・強化パーツ
・レベル
・撃墜数

このため、最終話の時に必要の無いスキルパーツや強化パーツはショップで売却するか、スキルを覚えさせてしまいましょう。

この他、主人公の精神コマンドをエディットしたり、敵の強さの変更などが可能となります。 クリアの回数が増すたびに、敵の強さの変更できる数値が上がっていきます。さらに、ショップで強化パーツや一部ユニットの購入も出来るようになっている。

クリア後はインターミッションのショップで強化パーツと一部ユニットを購入することができるようになる。

キース・ウィリス

二週目は改造と一度つけたスキルパーツ、パイロット養成値がひきつぎます

sin

クリア特典についてですが
改造段階の引継ぎと、クリア後のセーブした時点での資金も引き継がれると思われます（資金についてはクリア時の資金を確認できていないから）
また、主人公の精神コマンドエディット（カズマのみ）と敵の改造段階設定が初期メニュー（名前決定等）で出現します。
また、未確認ですが
文化祭をやる話（何話か忘れました）で、ボン太君部隊が出るバージョンとマジンカイザーたちの出る２パターンあります。
プレイ内容は１周目２週目とくに変えていません（２週目でマジンカイザー達の方になりました）

火竜のヒゲ